南京鼓樓醫院，又名南京大學醫學院附屬鼓樓醫院，是一所集醫療、教學、科研為一體的綜合性大型三級甲等醫院。前身是1892年由美國基督會資助的加拿大籍傳教士威廉?愛德華?麥克林醫學博士(WilliamE. Macklin，中文譯音"馬林")創建的一所"基督醫院"，馬林任首任院長，民間又稱"馬林醫院"。

鼓樓醫院由建院時50張病床，百余名員工，發展到現在已擁有核定床位2500張，在崗職工3529名，其中：衛生專業技術人員3097人，正、副主任醫師400余人，正、副教授220余人，博士生導師40余人、碩士生導師180余，40位著名專家享受國務院特殊津貼。2014年醫院門急診病人290余萬人次，出院病人8.2萬余例。

鼓樓醫院科室設置齊全，技術力量雄厚。外科學是國家重點學科共建單位，骨科、產科、消化科、內分泌科、普通外科、風濕免疫科、腫瘤科和護理專業是國家臨床重點專科，肝膽外科、骨科是江蘇省臨床醫學中心，產科學、風濕免疫病學、腫瘤內科學、心胸外科學、代謝病學、麻醉學為江蘇省"科技興衛工程"重點學科。脊柱畸形矯治、肝移植、異基因間充質干細胞移植、生殖醫學、親體腎移植、消化系統疾病的內鏡診斷和介入技術、三維適形調強放療等技術處于國際或國內領先水平。普外科、婦產科、骨科、呼吸內科、免疫科、麻醉科、泌尿外科、肝膽外科、消化內科、內分泌科、血液科、心胸外科、心血管內科、腫瘤科、整形燒傷科、醫學檢驗科、神經內科、急診醫學科、重癥醫學科、神經外科、耳鼻咽喉科、藥學部、病理科、醫學影像科為江蘇省臨床重點專科，血管外科、感染科、腎內科、老年醫學科、核醫學科、疼痛科、中醫科為南京市醫學重點專科。2006年醫院被國家人事部批準設立"博士后科研流動工作站"，目前醫院有一級臨床醫學博士學位授予點2個，二級學科博士學位授予點16個，碩士學位授予點25個，醫院被衛生部批準為專科醫師、臨床藥師和心血管介入診療技術(心律失常介入)培訓基地。江蘇省醫院感染管理、骨科、婦產科、泌尿外科、消化科5個醫療質量控制中心及江蘇省腦血管疾病、圍產期疾病、消化內鏡、骨關節疾病、大血管疾病、代謝性疾病和風濕免疫性疾病8個江蘇省省級專科(病)診療中心均落戶在鼓樓醫院。醫院是國家衛生部開展臨床路徑、優質護理服務示范工程重點聯系單位之一。

近些年來，鼓樓醫院在傳承百年歷史文化的同時，實施科學管理、打造醫院文化品牌，建成了國內以實物為主的第一個醫院歷史紀念館，該館被定為"南京市愛國主義教育基地"、"南京市對外文化交流基地"。醫院不斷改革創新，組建了國內第一個醫院集團，放大優質醫療資源，參與收購宿遷市人民醫院。醫院提出了建設國內最好的人文醫院愿景，在醫院內部形成良好的理解人、尊重人、滿足人、發展人的人文環境，激發員工的人文道德關愛，以解除患者痛苦為最高服務宗旨。醫院被中央文明委表彰為"全國創建文明行業工作先進集體"、江蘇省、南京市"文明單位";被國家衛生部授予"全國衛生系統先進單位"、"全國醫院文化工作先進單位"、"全國2005-2007醫院管理年活動先進單位"、"醫院改革創新獎"等稱號。