1952年福建省廈門市氣象臺在鼓浪嶼創(chuàng)建，1989年1月成立福建省廈門市氣象局，隸屬福建省氣象局管理。1990年10月3日廈門市氣象局實行計劃單列，計劃財務(wù)方面工作隸屬國家氣象局管理;2000年11月11日起，廈門市氣象局隸屬中國氣象局(國家氣象局)管理，實行中國氣象局與廈門市政府雙重領(lǐng)導(dǎo)、以中國氣象局領(lǐng)導(dǎo)為主的管理體制。賦予省級氣象管理機構(gòu)的有關(guān)職責(zé)。機構(gòu)規(guī)格為副廳級。2008年3月中國氣象局黨組對廈門市局干部管理有關(guān)問題又做出進一步明確，正處級干部管理權(quán)歸省局管理。

市氣象局機關(guān)設(shè)5個內(nèi)設(shè)機構(gòu)：辦公室、業(yè)務(wù)科技處、計劃財務(wù)處、人事處、政策法規(guī)處;設(shè)有4個直屬單位：廈門市氣象臺(廈門市海洋氣象臺)、廈門市氣象服務(wù)中心、廈門市防雷中心(廈門市避雷監(jiān)測技術(shù)中心)、廈門市氣象局機關(guān)服務(wù)中心;2008年4月市政府批復(fù)成立廈門市氣候變化監(jiān)測評估中心，掛靠廈門市氣象服務(wù)中心。此外，廈門市氣象臺設(shè)有2個二級機構(gòu)：氣象探測技術(shù)與保障中心、氣象信息網(wǎng)絡(luò)中心;機關(guān)服務(wù)中心設(shè)有1個二級機構(gòu)：財務(wù)與核算中心;氣象服務(wù)中心設(shè)有1個二級機構(gòu)：氣象宣傳與科普中心。2014年經(jīng)中國氣象局同意始建海峽氣象開放實驗室。

全市設(shè)有4個區(qū)氣象局：同安區(qū)氣象局、翔安區(qū)氣象局、海滄區(qū)氣象局、集美區(qū)氣象局;

全市氣象部門現(xiàn)有編制105人，其中機關(guān)公務(wù)員編制34人，事業(yè)編制67人，地方編制4人;至2015年1月，有職工167人，在編人員99人，其中博士5人，碩士33人，學(xué)士28人;高級職稱26人，中級職稱41人，初級職稱17人。