嘉興市氣象局成立于1984年11月，實行上級氣象主管機構與嘉興市人民政府雙重領導、以上級氣象主管機構領導為主的管理體制。

在上級氣象主管機構與嘉興市人民政府領導下，根據授權承擔嘉興市行政區域內氣象工作的政府行政管理職能，依法履行氣象主管機構的各項職責。嘉興市氣象局的機構規格為正處級，內設辦公室(政策法規科、雷電防御管理辦公室)、業務科技科、人事教育科(精神文明建設辦公室、離退休干部辦公室)、計劃財務科(科技服務科)4個職能科(室)，機構規格均為正科級。直屬事業單位4個：嘉興市氣象臺(嘉興市海洋氣象臺、嘉興市氣象雷達站)、嘉興市氣象信息中心(嘉興市核應急氣象保障中心)、嘉興市防雷中心(嘉興市防雷設施檢測所)、嘉興市氣象網絡中心(浙江農網嘉興分中心);下轄嘉善、平湖、海鹽、海寧、桐鄉市(縣)氣象局、嘉興國家氣象觀測站6個正科級事業單位。

在浙江省氣象局和嘉興市委市府的關心支持下，嘉興市氣象局牢固樹立科學發展觀，認真貫徹“三大戰略”，牢固樹立“三個氣象”理念，以氣象業務現代化建設為抓手，大力實施科技興氣象戰略;將人力資源作為第一資源，積極培養和使用人才，人才強局戰略深入人心;以改革創新為動力，大力發展氣象科技服務產業，不斷拓展氣象服務領域。高度重視三個文明建設，通過氣象服務促進精神文明創建工作，以創建工作提升氣象服務內涵，全市氣象事業持續、快速、健康發展，為建設“四個一流”、率先基本實現氣象業務現代化打下堅實基礎。