深圳市人民醫院始建于1946年，前身系寶安縣衛生院，解放后更名為寶安縣人民醫院，因粵港澳居民稱住院為“留醫”，她作為當時深圳經濟特區唯一一家擁有住院部的醫療機構，醫院亦被居民習稱為“留醫部”，并成為深圳市人民醫院的代名詞沿用至今。1979年伴隨深圳經濟特區成立更名為深圳市人民醫院。1994年被評為深圳首家“三級甲等”醫院，1996年經國務院僑辦批準成為暨南大學醫學院第二附屬醫院，2005年升格為暨南大學第二臨床醫學院，2018年掛牌南方科技大學第一附屬醫院。現已發展成為一個功能齊全、設備先進、人才結構合理、技術力量雄厚，集醫療、科研、教學、住院醫師規培、保健為一體的深圳市最大的現代化綜合性醫院。

醫院占地面積16.8萬平方米，建筑面積35.3萬平方米，開放床位3043張，在崗員工5110人，其中具有高級資格971人，中級資格1384人；博士生導師28人，碩士生導師162人，高層次人才69人，其中國務院特殊津貼專家5人、國家杰出青年基金獲得者2人、“萬人計劃”科技創新領軍人才1人。2020年出院病人10.9萬人次，診療人次308.9萬人次。

醫院擁有呼吸與危重癥醫學科、腎內科、消化內科、感染內科、內分泌科、胸外科、口腔科、麻醉科、婦科、產科、新生兒科、急診科、病理科、檢驗科、臨床護理及醫學影像科(含CT、放射、超聲、介入、核醫學)等16個廣東省臨床重點學科；3個廣東省工程技術研究中心；擁有16個深圳市重點醫學專科及7個市優秀重點學科群、3個研究所、4個深圳市醫學重點實驗室、4個深圳市工程技術研發中心、1個國家級臨床藥物試驗基地、1個博士后科研工作站。2003年，率先引進中國大陸第一臺“宙斯ZEUS”手術機器人，并于2004年4月完成了中國大陸第一例機器人腹腔鏡膽囊切除術，填補了我國大陸在這方面的空白，2013年介入微創診療中心被評為亞洲冷凍治療培訓基地，2014年胸外科完成了世界首例單孔全胸腔鏡肺段袖式切除術，該項技術在SCI的發表標志著肺癌根治術，尤其是早期肺癌根治手術躋身國際水平。2015年9月順利通過第五批中國胸痛中心認證，正式獲批“中國胸痛中心”醫院，2015年10月成功驗收人類輔助生殖中心，憑著醫院的整體醫療技術水平，吸引了香港、澳門以及深圳周邊地區的大批患者，受到國內外媒體廣泛關注。2017年1月被認定為“廣東省產前診斷專項技術指導中心”、“廣東省重癥孕產婦救治中心”和“廣東省重癥新生兒救治中心單位”，12月，被授牌為“廣東省智慧醫院建設單位”，同時以優異的成績通過“三級甲等”醫院復審；獲國家科技進步獎二等獎1項。同年被國家衛生計生委、廣東省衛生計生委評為“改善醫療服務行動計劃”示范醫院。2018年6月，獲廣東省政府、省衛計委遴選為全省首批九家“登峰計劃”建設醫院之一。2019年成功引進TOMO螺旋斷層放射治療系統和第四代達芬奇手術機器人（均為深圳首臺）。2020年獲艾力彼全國頂級醫院100強榜89名、復旦大學醫院管理研究所“華南區綜合實力排行榜”第13名。

醫院擁有國家住院醫師規范化培訓基地及國家全科醫師技能培訓中心；作為暨南大學第二臨床醫學院、暨南大學第二臨床醫學院博士后創新實踐基地。醫院呼吸與危重癥醫學科經過嚴格遴選成為國家首批、廣東省廣州市外唯一的國家專培基地。2015年成立了深圳市人民醫院轉化醫學協同創新中心，將整合所有重點實驗室、醫學工程中心（平臺）和博士后教育基地，解決應用不連貫的問題，建設統一的免疫生化、分子生物、基因檢測和動物模型建設的基礎實驗室，同時因應各專科需求增設特異功能裝備，并以此作為我院的主要科研基地，進行醫院重大臨床研究和臨床技術研究。2017年獲國家科技進步獎二等獎一項，包攬了“深圳市第一屆住院醫師規范化培訓臨床技能競賽”團隊一等獎、二等獎及全部單項獎冠軍，2018年度深圳市醫院科技影響力排行（綜合醫院）第一，第一屆廣東省住院醫師規范化培訓臨床技能競賽的團隊特等獎和五個單項一等獎。醫院現有內科學、外科學、婦產科學、兒科學等16個教研室。

多年來，醫院不斷選送有培養前途和發展潛力的專業技術骨干前往美國耶魯大學、加州大學、斯坦福大學、紐約長老會哥倫比亞與康奈爾大學醫院、邁阿密大學醫學院、賓州大學醫學院、哈佛大學醫學院（附屬麻省總醫院、貝絲以色列女執事醫學中心）、休斯頓衛理公會全球健康服務中心，德國雷根斯堡大學醫院、英國桑德蘭大學、比利時布魯塞爾大學、澳大利亞科廷大學、加拿大SFU大學、新加坡國立大學醫院、香港中文大學威爾士親王醫院、香港大學瑪麗醫院等國際知名學府進修學習，掌握本專業的新知識、新技能、新動態，全方位加深對醫學科學的認識和了解，莘莘學子在國際醫學領域中錘煉成長。