20世紀五六十年代,中央領導董必武同志提議，周恩來總理親自主持，開始籌備清史編纂工作，在成立清史編纂委員會同時，決定在中國人民大學成立清史研究所。1972年，為落實周恩來總理等中央領導同志的指示，經北京市委批準，成立清史研究小組。1978年，經教育部批準，在其基礎上正式成立清史研究所。中國人民大學清史研究所成立以后，始終以清史研究、培養清史專門人才和纂修《清史》為首要任務，為新中國歷史學科的發展作出了重要貢獻。

中國人民大學清史研究所是教育部歷史學科人才培養和科學研究基地之一,承擔了“211工程‘九五’、‘十五’規劃清史子項目”。目前擁有六個博士點(中國古代史、中國近現代史、專門史、歷史文獻學、歷史地理學、史學理論與史學史)和六個碩士點(中國古代史、中國近現代史、專門史、歷史文獻學、歷史地理學、史學理論及史學史)。1989年，中國古代史專業被國家教委定為全國高等學校重點學科點。1999年設立博士后流動站。現為國家歷史學一級學科點所在單位。2007年，中國近現代史專業經過嚴格評選，被評為國家重點學科。

中國人民大學清史研究所在重點研究基地的建設中，進一步深化科研體制改革。在人員管理上推行擇優上崗的競爭機制，由基地負責人與研究人員簽定聘任合同，定期評估，逐步建立起機構開放、人員流動、內外聯合、競爭創新的運行機制。