北京工商大學是北京市重點建設的高水平研究型大學，1999年6月經教育部批準由北京輕工業學院與北京商學院合并，機械工業管理干部學院并入組建而成。北京商學院先后隸屬商業部、國內貿易部，前身是中華全國供銷合作總社干部學校和中央商業干部學校。中華全國供銷合作總社干部學校建于1950年初,中央商業干部學校建于1953年，1958年中華全國供銷合作總社干部學校合并到中央商業干部學校。1959年商業部經國務院批準成立中央商學院，1960年更名為北京商學院，中央商業干部學校與北京商學院合并。1969年北京商學院因“文化大革命”停辦，1978年經國務院批準恢復招生。北京商學院是我國建國后建立較早的專門培養經濟管理人才的高等院校之一，是國務院批準的全國首批碩士學位授予單位。北京輕工業學院創建于1958年，是我國最早建立的一所輕工業高等學校。1970年遷入陜西省咸陽市，1978年經國務院批準在北京原址重建，先后隸屬于輕工業部和中國輕工總會，主要面向輕工行業培養高級專門人才。機械工業管理干部學院建于1982年，隸屬于機械工業部，主要是面向機械工業行業培養管理干部。迄今學校已為國家培養了15萬余名各級各類專門人才。

合并組建后的北京工商大學步入了新的發展時期，綜合實力顯著增強，現已發展成為理、工、經、管、文、法、藝等學科相互支撐、協調發展的多科性大學，并將按照“特色、內涵、規范、質量”八字方針，努力實現特色鮮明的高水平研究型大學發展目標。

2003年8月，經國務院學位委員會第20次會議審核批準，學校成為聯合培養博士研究生單位，2004年起與中央財經大學聯合招收和培養會計學專業博士研究生。2007年6月，學校接受教育部全國普通高校本科教學工作水平評估。2008年3月，教育部召開全國普通高等學校本科教學工作評估專家委員會全體委員會議，經全體委員投票確定：北京工商大學本科教學工作的評估結果為“優秀”。2012年12月，學校食品（含保健食品）添加劑與安全成為“服務國家特殊需求博士人才培養項目”，授予學位學科名稱為“食品科學與工程”。2014年9月，“食品科學與工程”學科獲批新設博士后科研流動站，2019年9月，“應用經濟學”學科獲批新設博士后科研流動站。2018年5月，經國務院學位委員會第三十四次會議批準，學校成為博士學位授予單位，應用經濟學、食品科學與工程獲批一級學科博士學位授權點。