中國人民解放軍第二軍醫大學創建于1949年9月，時稱“華東軍區人民醫學院”。1950年改稱上海軍醫大學。1951年7月正式定名為第二軍醫大學。目前，學校是國家“211工程”、軍隊“2110工程”和總后“530工程”重點建設院校，軍隊研究生培養重點建設院校、國家生命科學與技術人才培養基地、外軍醫學留學生培養基地。校機關設“四部二院”，下轄“一部八系”、3個師級學員管理單位、3所附屬醫院、1個國家肝癌科學中心和5個干休所，現已成為我軍面向東南沿海的重要衛勤力量。

人才培養

學校的主要培訓層次有研究生教育、本科生教育、任職教育和留學生教育等。開設臨床醫學、海軍臨床醫學、藥學、公共衛生事業管理、護理學等13個專業。校黨委始終堅持教學工作的中心地位不動搖、教學改革的核心地位不動搖、教學基本建設的優先地位不動搖，穩步推進教學改革，狠抓教學質量建設，形成國家精品課程4門、軍隊優質課程4門、國家教學團隊和精品課程數量穩居全軍醫科院校之首，連續11年入選16篇“全國百篇優秀博士學位論文”，位列全國醫科院校第一。

學科水平

學校實施了“1272”重點學科建設工程，“十一五”重點學科建設工程，大力推進學科建設。現有國家重點學科一級學科2個(基礎醫學、藥學)，二、三級學科26個，軍隊“2110工程”重點建設學科3個(后方專業勤務、軍事航海醫學和軍事預防與防護醫學(含軍事藥學))，總后“530工程”重點建設學科5個(野戰護理學、衛生勤務、熱帶醫學、軍事藥學和中醫中藥野戰應用)，上海市重點學科7個。現有69個博士點和92個碩士點。

師資隊伍

學校實施了“5511”人才工程，搭建起一座以兩院院士為塔尖、學科帶頭人為塔身、青年才俊為塔基的“人才金字塔”。目前擁有兩院院士6名(中科院院士：吳孟超、陳宜張，工程院院士：曹雪濤、王紅陽、廖萬清、夏照帆)，院士后備人選6名，國家級創新團隊8支，“973”首席科學家7名、國家“千人計劃”1名，“何梁何利獎”7名、“長江學者”9名、國家“杰青”25名、“百千萬人才工程”國家級人選9名、“求是杰出實用工程獎”7名、軍隊高層次科技創新人才15名。

科技創新

學校積極推進科研管理體制改革和機制創新，加強重大、重點項目的研究和聯合攻關，著力活躍學術氛圍，促進了科研規模、水平、效益的持續發展。近三年，先后承擔國家“863”、“973”等重點項目140多項，各類課題3200余項，經費總額13.9億元。學校先后獲得國家最高科學技術獎1項，國家科技進步一等獎2項、國家自然科學二等獎4項，國家科技進步創新團隊獎1項，國家技術發明二等獎5項，國家科技進步二等獎32項，省部級二等獎以上成果600余項。

醫院建設

學校目前附屬長海醫院、長征醫院和東方肝膽外科醫院三所三級甲等醫院整體建設水平在軍內外處于領先地位，目前，共展開床位3792張，年門急診量達490多萬人次。在醫療特色上，肝膽外科、胸心外科、燒傷外科、骨科、神經外科、泌尿外科等傳統特色更加鮮明，并在肝臟、腎臟等器官移植術，前列腺疾病微創治療術，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病診治技術等方面形成新的特色。目前，三所附屬醫院共有26個全軍醫學研究所(專病中心)，6個上海市“重中之重”臨床醫學中心。三所醫院均為三級甲等醫院，連續5年在上海市醫療“萬人問卷調查”中并列榜首，長海醫院“掌上長海”就診模式備受稱贊，長征醫院醫務社工服務廣受好評，東方肝膽外科醫院“院所合一”，經驗推廣全軍。